Мария, добрый день.
Не совсем понятен вопрос. В связи с тем, что Вы продали квартиру, находившуяся у Вас менее минимального срока владения, у Вас возникло 2 обязанности:
1. Подача декларации в срок до 30.04 года, следующего за годом продажи. Судя по всему, это Вы не сделали. Если это так, то подлежите ответствености по ст.119 НК РФ.
2. Уплата налога в срок до 15.07. года, следующего за годом продажи. Если налог не уплачен, то подлежит уплате с учетом пени.
Декларацию Вы можете подать и сейчас, где указать о применении вычетов в размере документально подтвержденных расходов на приобретение проданного жилья. Эти расходы в качестве вычетов могут быть учтены дважды -в качесте вычета при продаже и в качестве вычета при приобретении этого же или другого жилья, если ранее данный вычет не использовался. Тем самым налог может быть сведен к минимуму или 0.
покрыть сумму налога уже выплаченным НДФЛ за тот год
Если НДФЛ с доходов от продажи квартиры Вы оплатили, то уплаченное учитывается.
С уважением