Каким образом и на каких основаниях Поставщик может защищать свою позицию?

Здравствуйте! В данной ситуации защитить свои права при условии что Вами заключен договор с правом покупателя согласовывать конструкторскую документацию и тем более если такое согласование было принято довольно сложно. Действующее законодательство в большей степени нацелено на защиту прав Покупателя, а не Поставщика.

1) согласно п.1 ст. 10 ГК РФ Пределы осуществления гражданских прав: не допускаются осуществление гражданских прав исключительно с намерением причинить вред другому лицу, действия в обход закона с противоправной целью, а также иное заведомо недобросовестное осуществление гражданских прав (злоупотребление правом).

Следует обосновать, что требования Вашего покупателя при согласовании документации носили характер злоупотребления правом, т.е. он предложил такие требования к технологическому оборудованию. которые существенно затянули сроки его создания. Покупатель своими действиями препятствовал исполнению в срок обязательств Поставщика.

2) возможно это довольно рискованный способ, но в целях соблюдения сроков поставщик может поставить то оборудование, которое им было предложено в изначальной конструкторской документации без дополнительных требований. предъявленных покупателем, т.е. сознательно пойти на некомплектность товара.  В этом случае у покупателя возникают следующие права:

 В соответствии со ст. 480 ГК РФ в случае передачи некомплектного товара (статья 478) покупатель вправе по своему выбору потребовать от продавца:
соразмерного уменьшения покупной цены;
доукомплектования товара в разумный срок.

В данном случае покупатель может потребовать просто уменьшение цены договора, либо же доукомплектации оборудования. В последнем случае Поставщик может обосновать Покупателю какой срок является разумным для поставки комплектующего оборудования и уже получив это время выполнить требования покупателя (при условии что технология производства оборудования позволяет добавлять требуемые детали уже после того как такое оборудование смонтировано).

3) на любой стадии исполнения договора Вы имеете право заключить дополнительное соглашение, которым изменить сроки поставки, либо любое иное условие договора.

   Вы называете сторонами Вашего договора Поставщика и Покупателя, т.е. говорите о договоре поставки. Однако условие о согласовании конструкторской документации  не является обязательным элементом договора поставки и включено сторонами самостоятельно. В результате возможно, что Ваш договор приобрел черты смешанного договора (в частности к нему применимы в какой то части положения о договоре подряда, либо возмездного оказания услуг). Поэтому для более детального поиска ответа на Ваш вопрос лучше ознакомиться с текстом договора полностью.