Марк, здравствуйте.
В вашей ситуации вы вправе принять расходы на приобретение товаров (недвижимости), которые не были учтены в период применения УСН. Документ на который стоит опираться, это не только письмо ФНС России от 9 января 2018 г. № СД-4-3/6, но и Письмо Минфина РФ и ФНС РФ от 17 июля 2015 г. N СА-4-7/12693@ в котором в частности сказано:
Налогоплательщик имеет право учесть в составе расходов стоимость приобретенных в период применения им упрощенной системы налогообложения товаров, если они были им реализованы в дальнейшем уже при применении общей системы налогообложения.
Основанием доначисления налога на прибыль послужил вывод инспекции о неправомерном учете обществом в качестве расходов, уменьшающих налогооблагаемую прибыль, стоимости товаров на сумму 980 555 рублей, приобретенных, но нереализованных в период действия упрощенной системы налогообложения.
Как установлено судами, спорные товары были приобретены обществом в период с 2010 по 2011 годы в момент применения им упрощенной системы налогообложения, однако реализованы были заявителем в 2012 году в период применения обществом общей системы налогообложения, и в этом же периоде общество уменьшило налогооблагаемую прибыль на сумму расходов, понесенных им при приобретении спорного товара.
Признавая неправомерным доначисление соответствующих сумм налога, суды, учитывая установленные по делу фактические обстоятельства, руководствуясь положениями статей 268 и 272 Налогового кодекса, пришли к выводу, что в рассматриваемом случае общество вправе учесть в целях исчисления налога на прибыль расходы на приобретение указанных товаров в периоде их реализации.
Указанный вывод содержится в Определении Верховного суда Российской Федерации от 6 марта 2015 г. N 306-КГ15-289.
Обзоры судебной практики ВС РФ рассылаются по региональным ФНС с той целью, чтобы позиция ВС РФ была учтена в работе и не допускалось расхождений позиций ФНС и ВС РФ.
Что касается пп. 2 п. 2 ст. 346.25 НК РФ, то в нем не содержится никакого противоречия, он говорит о том, что при переходе на ОСН стоимость не оплаченных, но уже реализованных в период применения УСН, товаров налогоплательщик может принять в расходы в момент перехода на ОСНО, поскольку ранее он эти расходы не принял. У вас иная ситуация.
Да, он к Вам в принципе подходит если рассматривать данные квартиры как товар.