Начальник выписал премию, просит её отдать ему наличными

Здравствуйте, Миля!

Это называется взятка. При определенных условиях вас могут признать взяткодателем, а начальника  — взяткополучателем. Такая практика по РФ имеется. 

Тут надо понимать сумму взятки — то есть премии и за какие успехи он вам ее выписал. 

Можете написать заявление в СК, тогда состав преступления у вас будет отсутствовать. 

Примечание. Лицо, давшее взятку, освобождается от уголовной ответственности, если оно активно способствовало раскрытию и (или) расследованию преступления и либо в отношении его имело место вымогательство взятки со стороны должностного лица, либо лицо после совершения преступления добровольно сообщило в орган, имеющий право возбудить уголовное дело, о даче взятки.

Вопрос в другом — сможете ли вы потом там работать

Если у Вас еще остались вопросы, Вы можете задать их мне в чате. Там же можно согласовать подготовку необходимых Вам документов.