К этому момент истекает 3-летний срок ее владения, а соответственно не надо будет платить налог на доход с продажи

Здравствуйте, Денис, это два разных объекта недвижимого имущества, сроки давности владения по ним для освобождения от уплаты НДФЛ исчисляются раздельно и друг на друга не влияют.

Минимальный срок владения, если недвижимость вы получили по наследству от члена семьи или близкого родственника составляет три года (пп. 1 п. 3 ст. 217.1 НК РФ).

Минимальный срок владения объектом недвижимости составляет три года, если право собственности на этот объект получено в порядке наследования или по договору дарения от члена семьи или близкого родственника; в результате приватизации; в результате передачи по договору пожизненного содержания с иждивением.
Минимальный срок владения три года также установлен для единственного жилья (п. 17.1 ст. 217, п. 2 ст. 217.1, пп. 2 п. 1, п. 3 ст. 228, п. п. 1, 4 ст. 229 НК РФ).

Соответственно если по первой квартире есть основания для применения минимального срока в три года, то получение в наследство  супругой второй квартиры на освобождение от НДФЛ не влияет.

По квартире полученной в наследство отдельно начнется новый срок.
.

Здравствуйте.

Нет, не повлияет. На момент продажи квартира была единственным жильем, а значит на основании пп. 4 п. 3 ст. 217.1 НК РФ, налог вам платить не нужно, если вы владеете квартирой 3 года

Добрый день, Денис.

Согласно части 4 статьи 1152 Гражданского кодекса Российской Федерации принятое наследство признается принадлежащим наследнику со дня открытия наследства независимо от времени его фактического принятия, а также независимо от момента государственной регистрации права наследника на наследственное имущество, когда такое право подлежит государственной регистрации.

Исходя из изложенного, во владении Вашей супруги находится доля в Вашей совместной квартире и квартира, которая в будущем будет получена по наследству.

Формально у налогового органа есть основания начислить Вашей супруге налог на доход, полученный с продажи Вашей единственной квартиры, так как исходя из нормы закона доля в Вашей совместной квартире не является единственным жильем для Вашей супруги.