Здравствуйте, Алексей!
В соответствии с ч. 1 ст. 17.2 Федерального закона от 06.04.2011 №63-ФЗ, если юридическое лицо использует электронную подпись, возможны 2 варианта:
1) ЭЦП юридического лица, но в качестве владельца сертификата указывается лицо, уполномоченное действовать без доверенности (в силу ст. 40 Федерального закона от 08.02.1998 №14-ФЗ, это генеральный директор);
2) ЭЦП представителя юридического лица, который имеет доверенность от имени этого юридического лица, которая, в свою очередь, должна быть подписана ЭЦП, указанной в предыдущем пункте.
Таким образом, если имеющаяся ЭЦП гендиректора уже не действует, получить ЭЦП, указанную в п. 2, не получится.
Остается сделать личную ЭЦП (физического лица) на сотрудника, который уполномочен сдавать отчетность и подписывать ЭДО. Если такого лица нет, генеральный директор может выписать доверенность в бумажном виде и направить ее почтой. Нотариальное заверение в силу ч. 4 ст. 185.1 ГК РФ не требуется: достаточно подписи гендиректора.