Но в последние два месяца, препараты перестали списывать в аптеке, либо частично, либо практически не

Добрый день, в данном случае работодатель действует неправомерно, так как истечение срока годности товара — это нормальный хозяйственный риск, что является обстоятельством исключающим материальную ответственность работника (ст. 239 ТК РФ).

Если вам нужно, чтобы данная ситуация не повторилась в будущем, то можете написать заявление о несогласии добровольно возмещать причинённый работодателю ущерб и тогда подобного рода взыскания работодатель может производить только через суд. (Ст. 248 ТК РФ)

При этом, на своей копии заявления в приемной работодателя необходимо проставить штамп, подпись должностного лица о принятии с указанием даты и регистрации за определенным номером. Заявление можно также отправить по почте заказным письмом с уведомлением о вручении и описью вложения.

Если вы хотите вернуть ежемесячные списания, которые были произведены ранее, то необходимо обратиться в районный (городской) суд с исковым заявлением.

Работодатель обязан доказать:

отсутствие обстоятельств, исключающих материальную ответственность работника;
противоправность поведения (действия или бездействие) причинителя вреда;
вина работника в причинении ущерба;
причинная связь между поведением работника и наступившим ущербом;
наличие прямого действительного ущерба;
размер причиненного ущерба; 

Удачи вам! Если появятся ещё вопросы — буду рад помочь.