Допустим налоговый орган в своем решении указал, что сделок не было вообще, поскольку они заключены с

 Михаил, добрый день! Возможность переквалификации состава правонарушения судом при рассмотрении дела предусмотрена для административных составов и при условии, что вменяемый лицу состав не ведет к ухудшению его положения. Для налоговых же нарушений, регулируемых отдельной главой НК РФ, а не КоАП такая возможность не предусмотрена. Возможность же выйти суду за рамки заявленных в рамках адм. судопроизводства (регулируемого КАС РФ) предусмотрена для отдельных видов исков, например по делам об оспаривании нормативных правовых актов ( ч. 7 ст. 21 КАС РФ).

Здравствуйте.

На самом деле, если Вы обратились с требованием об обжаловании ненормативного акта государственного органа в арбитражный суд, что верно в случае, когда речь идет о юридическом лице (или ИП), то КАС РФ тут Вам не помощник. Кодексом, в рамках которого осуществляется судопроизводство будет АПК РФ. Поэтому отыскивать в КАС РФ основания для обжалования судебного акта бессмысленно.

То, что было доказано совершение сделок как таковое, действительно может не иметь правового значения, поскольку если налогоплательщик, который учел данную сделку при определении финансового результата и соответственно исчислил подлежащий уплате налог с учетом этой сделки, а в суде выяснилось, что стороной сделки было иное лицо, не мог принимать ее к учету.

Для того, чтобы определить законность требования налогового органа суд, рассматривая заявление налогоплательщика, мог давать оценку спорной сделке и выяснить участвовал ли в ней налогоплательщик. Вывод по этому вопросу напрямую связан с рассматриваемым требованием налогплательщика, в связи с чем я не усматриваю причин для того, чтобы говорить от том, что суд вышел за пределы рассматриваемых требований. Он как раз всесторонне разобрал ситуацию и сделал вывод, который привел к вынесенному им решению. Ввиду этого полагаю, что оснований для апелляционного обжалования (гл. 34 АПК РФ) по этому основанию у заявителя нет. 

При этом оговорюсь, что поскольку информации мало и по логике надо анализировать судебное решение, заявленное требование, возражение налогового  органа и т.д., то вполне возможно, что сделанный мной вывод не учитывает какие-то имеющие значение обстоятельства и может быть неверным.

Если Вам потребуется дополнительная консультация по этому вопросу и/или составление документов, либо возникнут иные правовые вопросы, Вы можете обратиться ко мне в чат за персональной консультацией.