Здравствуйте! Участие агентств и наличие печатей не является обязательным условием заключения письменных сделок между физическими лицами, т.е. гражданами. Более того, это вообще не предусмотрено законом.
Собственник квартиры действительно вправе обратиться в суд с требованием о взыскании с арендатора задолженности по арендной плате, если это условие предусмотрено в договоре. Арендатор, в свою очередь, может оспаривать договор найма по основаниям. предусмотренным ГК РФ.
Неуплата подоходного налога 13 %, вы же это имели в виду, препятствием для обращения в суд не является. Удачи.