Здравствуйте, Виктор.
Самозанятость — это работа физлица на себя с применением специального налогового режима — налога на профессиональный доход, или НПД (Федеральный закон от 27 ноября 2018 года № 422-ФЗ). При таком режиме у физлица не должно быть работодателя и наемных работников — он действительно работает сам на себя. Тем более, юрлицо самозанятым быть не может.
Закон о самозанятых запрещает применять НПД руководителям бюджетных организаций, муниципальным и госслужащим. Директор коммерческого ООО не относится к этим категориям. Правда в законе прямо говорится, что самозанятыми не могут быть «лица, имеющие работников, с которыми состоят в трудовых отношениях». Другими словами, владелец ООО не может оказывать услуги самозанятого своей же компании.
В сторонних организациях ограничений для самозанятых нет.