Будет учитываться данная задолженность при выплате ему его доли?

Артем, добрый день. 

По общему правилу можно списать причитающиеся Обществу по договору займа денежные средства в случае, если имевшаяся задолженность стала относиться к категории безнадежных.

В соответствии с п. 2 ст. 266 Налогового кодекса РФ долг может быть признан безнадежным в связи с истечением срока исковой давности. Если по истечении 3 лет (п. 1 ст. 196 ГК РФ) с момента образования задолженности заем так и не был возвращен, у организации-займодавца появляется право его списать. Но только в том случае, если за прошедшие 3 года займодавец не обращался в суд с иском о взыскании долга.

Вы указали, что срок исковой давности истек, если это действительно так, и нет оснований для восстановления срока (например, должник своими действиями фактически признал свой долг), или же должник не собирается добровольно возвращать «просроченный» займ, взыскать с него задолженность не получится.

Безнадежная к взысканию задолженность не учитывается при выплате участнику действительной стоимости его доли. Единственно — если просроченный долг «прощен» организацией физ. лицу (что имеет место в вашем случае), то у последнего возникает экономическая выгода. Такой доход признается налогооблагаемым. Организация, «простившая» долг, обязана рассчитать и удержать НДФЛ у физ. лица, либо передать сведения о невозможности удержания налога.