Сергей, доброе утро!
Если военно-врачебная комиссия признала военнослужащего/сотрудника не годным к военной службе, она сама направит заключение в кадровое подразделение по месту службы военнослужащего/сотрудника.
Далее, кадровое подразделение должно само оформить документы на увольнение военнослужащего/сотрудника, и организовать процедуру увольнения на основании заключения военно-врачебной комиссии.
В приказе об увольнении военнослужащего/сотрудника будет указано основание увольнения (не годен к военной службе) со ссылкой на соответствующую статью специального закона регламентирующего прохождение службы военнослужащим/сотрудником.
После увольнения военнослужащий/сотрудник напишет заявление в кадровом подразделении на назначение пенсии за выслугу лет, которая будет назначена с даты, следующей за датой увольнения.