Здравствуйте.
Действительно, участник может отказаться полностью или частично от действительной стоимости доли. Такой отказ представляет собой прощение долга (ст. 415 ГК РФ). Но отказ должен быть оформлен документально, посредством написания участником заявления об отказе от выплаты части доли. Но при этом ООО все равно необходимо рассчитать действительную стоимость доли выходящему участнику (п. 6.1 ст. 23 Закона № 14-ФЗ).
Проблема для ООО состоит в том, что если Вы будете оформлять прощение долга, то в этом случае ООО получит внереализационный доход на прощенную сумму, и, соответственно, должно будет уплатить налог сообразно системе налогообложения, на которой оно находится.
Если Вы на это готовы — конечно Вы можете это сделать, но учесть указанные последствия безусловно необходимо.
Было бы намного логичнее продать долю второму участнику, но сейчас как я понимаю, это уже пройденный этап, поскольку заявление о выходе уже имеет место. ООО может рассрочить выплату действительной стоимости доли и таким обрахом избежать налогобложения. Но конечно, в этом случае долю в конце концов придется выплатить все равно. Можно пойти по другому пути. Выплатить всю действительную стоимость доли, но вернуть потом обратно — никто не мешает передать часть денег второму участнику, который внесет их на пополнение оборотных средств и все. Никаких дополнительных налогов, никаких иных проблем.
Если Вам потребуется дополнительная консультация по этому вопросу и/или составление документов, либо возникнут иные вопросы, Вы можете обратиться ко мне в чат за платной персональной консультацией.