Инвалид машину не водил и не было право управления, поэтому водителем был вписан сын в свидетельство о регистраци и ПТС транспортного средсва, выданое ГИБДД

Ясно.

В таком случае нужно получить свидетельство о праве на наследство, с которым Вам нужно обратиться с заявлением в ГИБДД о постановке на учет на сына.

Тут стоит учитывать, что в связи со смертью прежнего владельца автомобиль снимается с учета.

На это обращено внимание в постановлении Правительства РФ от 21.12.2019 N 1764

61. При прекращении государственного учета транспортного средства в соответствии с пунктами 56, 58 — 60 настоящих Правил, государственные регистрационные знаки, за исключением принятых регистрационными подразделениями на сохранение, и регистрационные документы признаются недействительными и вносятся регистрационным подразделением в соответствующие разыскные учеты утраченной специальной продукции Госавтоинспекции.
62. Возобновление государственного учета транспортного средства осуществляется путем внесения регистрационным подразделением записи в государственный реестр транспортных средств о возобновлении допуска транспортного средства к участию в дорожном движении.

В этой связи сыну придется в общем порядке подать заявление в ГИБДД о постановке на учет, к которому приложить:

— копию паспорта

— копию свидетельства о праве на наследство

Перед его подачей оплатить гос.пошлину и оформить полис ОСАГО (их предоставлять в ГИБДД не обязательно).

Представить автомобиль к осмотру.

После внесения изменений в учеты, будет выдана ПТС, в которой в качестве владельца будут внесены данные сына и на этом основании он уже может управлять ТС. 

в 2004 году инвалид получил бесплатно автомобиль ОКА на основании письма Комитета Соц.Защиты населения. В ПТС пометка: «Автомобиль снимается с учёта по разрешению КСЗН» —, но это при жизни собственника, а он умер. Вот в чём мутность!

Тот факт, что автомобиль получен бесплатно, не отменяет право собственности отца на авто и Ваше право получения его в порядке наследования. 

Согласно п. 5 Правил  предоставления легковых автомобилей за счет средств федерального бюджета отдельным категориям инвалидов, которые на 1 января 2005 г. состояли на учете в органах социальной защиты населения субъектов Российской Федерации для обеспечения транспортными средствами бесплатно или на льготных условиях в соответствии с медицинскими показаниями (утв. Постановлением Правительства Российской Федерации от 12 сентября 2008 г. N 670):

Легковые автомобили предоставляются инвалидам в собственность.

Ст. 18 ФЗ от 03.08.2018 N 283-ФЗ «О государственной регистрации транспортных средств в Российской Федерации и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» предусматривает исчерпывающий перечень оснований для прекращения гос учета ТС.

Согласно ст. 19 данного ФЗ снять с учета можно в связи с вывозом за претеделы РФ при переходе права собственности иностранному лицу или при утилизации ТС. 

Это означает, что по Решению КСЗН по действующему законодательству снять ТС с гос учета в ГИБДД нельзя (т.к. КСЗН не является собственником). 

Для Вас указанная Вами запись не имеет никакого значения, т.к. собственник умер и согласно ст. 18 указанного ФЗ гос учет ТС в ГИБДД прекращается, а рег знаки и документы признаются недействительными, независимо от наличия/отсуствия письма от органа соц защиты.