Теоретически сама организация, которая начислила пени, может их списать в связи с истечением срока исковой давности. В бухгалтерском учете такое допускается.
Они это либо сделают в установленном порядке (внутри своей организации на основании данных проведенной инвентаризации, письменного обоснования и приказа (распоряжения) руководителя организации), либо не сделают. Это списание установлено в п. 78 Положения по ведению бухгалтерского учета и бухгалтерской отчетности в Российской Федерации, утв. Приказом Минфина России от 29.07.1998 N 34н.
Но вы на это повлиять никак не сможете. Именно по вашему заявлению они это делать не обязаны.
Опять же, даже если они ваши долги спишут в бухгалтерском учете, не обязательно они перестанут их вам предъявлять к оплате.
Предусмотрена возможность переноса списанных долгов в бухучете на забалансовый счет, на котором они учитываются еще пять лет на случай, если все же получится их взыскать.
Значит, и из платежных документов даже те долги, которые списаны в бухучете, скорее всего они убирать не станут. На случай, если вы все же их самостоятельно заплатите.