Здравствуйте.
Согласно п. 2 ст. 8 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе» отсутствие у граждан регистрации по месту жительства и месту пребывания не освобождает их от обязанности состоять на воинском учете и не может служить основанием для отказа в постановке их на воинский учет.
Это означает, что в военкомате не имели права отказать вам в постановке на воинский учет из-за отсутствия прописки. Рекомендую подать письменное заявление о постановке на учет, чтобы при повторном отказе иметь доказательство вашего обращения в военкомат для направления жалобы военному прокурору гарнизона.
Если у вас остались вопросы — пишите.
С уважением юрист в области призывного права, врач Валерий Куницкий