Хочу вылететь из Москвы в Ереван по внутреннему паспорту РФ (загран паспорта нет), а по прилету в Ереван показать "белый паспорт" республики Молдова и транзитом полететь по нему в Ереван в Молдову

Добрый день.

Если у Вас есть второе гражданство Республики Молдова — то указанный Вами вариант вылета вполне возможен.

По смыслу ст. 6 ФЗ от 15.08.1996 N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию»

Выезд из Российской Федерации и въезд в Российскую Федерацию граждане Российской Федерации осуществляют по действительным документам, удостоверяющим личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации.

В этой связи для целей выезда из РФ и въезда в Республику Армения Вы можете использовать паспорт гражданина РФ.

Такой порядок предусмотрен Соглашением между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Армения о взаимных безвизовых поездках граждан Российской Федерации и граждан Республики Армения (Москва, 25 сентября 2000 г.) 

В силу ст. 1 которого

Стороны по взаимному согласию могут принимать решения об изменениях в перечнях документов, указанных в Приложениях N 1 и N 2 к настоящему Соглашению.
ПЕРЕЧЕНЬ
ДОКУМЕНТОВ ГРАЖДАН РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ДЛЯ ВЪЕЗДА,
ВЫЕЗДА, ПРЕБЫВАНИЯ И ПЕРЕДВИЖЕНИЯ ПО ТЕРРИТОРИИ
РЕСПУБЛИКИ АРМЕНИЯ
1) паспорт гражданина Российской Федерации;

В связи с чем Вы можете въехать в Республику Армения без визы и на основании паспорта гражданина РФ.

Нахождение и выезд из Армении по молдавскому паспорту также является допустимым, поскольку для граждан Республики Молдова также предусматривается безвизовый режим — www.mfa.am/ru/whoneedvisa

Добрый день. В соответствии с ФЗ N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию»

Статья 6. Выезд из Российской Федерации и въезд в Российскую Федерацию граждане Российской Федерации осуществляют по действительным документам, удостоверяющим личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации. Порядок оформления, выдачи и изъятия этих документов определяется настоящим Федеральным законом

Выезжая из РФ в РА по паспорту гражданина РФ Вы ничего не нарушаете. 

Далее идет речь о выезде уже из РА. Наличие у Вас паспорта Молдовы позволяет выехать из РА именно по нему. Нарушений в этом случае так же не будет. 

Все остальные  моменты могут быть детально разобраны в рамках отдельной полноценной услуги в чате( кнопочка рядом с фото юриста, доступна при входе на сайт через браузер)

С уважением Евгений Беляев