Здравствуйте, являюсь самозанятый, и организация прислала чек в приложение "мой налог" с одной суммой, но прислали совсем другую, что делать в такой ситуации?

Здравствуйте. В приложении мой налог вы сами пробиваете чеки (организация их не присылает) после получения от них суммы за услуги. Если чек пробит неверно, его можно аннулировать и сделать чек на верную сумму. 

Тем более у вас есть подтверждение — это фактически полученная сумма на счет.