Госпошлина при разделе имущества рассчитывается, исходя из стоимости всего недвижимого имущества или только исходя из того, что истец просит в свою пользу?

Вы платите за то что просите именно себе по разделу имущества… Значит оплачиваете со стоимости одной квартиры пошлину. 

Статья 333.19. Размеры государственной пошлины по делам, рассматриваемым Верховным Судом Российской Федерации, судами общей юрисдикции, мировыми судьями

1. По делам, рассматриваемым Верховным Судом Российской Федерации в соответствии с гражданским процессуальным законодательством Российской Федерации и законодательством об административном судопроизводстве, судами общей юрисдикции, мировыми судьями, государственная пошлина уплачивается в следующих размерах:
1) при подаче искового заявления имущественного характера, административного искового заявления имущественного характера, подлежащих оценке, при цене иска:

до 20 000 рублей — 4 процента цены иска, но не менее 400 рублей;
от 20 001 рубля до 100 000 рублей — 800 рублей плюс 3 процента суммы, превышающей 20 000 рублей;
от 100 001 рубля до 200 000 рублей — 3 200 рублей плюс 2 процента суммы, превышающей 100 000 рублей;
от 200 001 рубля до 1 000 000 рублей — 5 200 рублей плюс 1 процент суммы, превышающей 200 000 рублей;
свыше 1 000 000 рублей — 13 200 рублей плюс 0,5 процента суммы, превышающей 1 000 000 рублей, но не более 60 000 рублей;