Здравствуйте, Анастасия!
Информации не достаточно для корректного ответа. Вы не указали, Вас приняли на новую должность в другом отделе по срочному договору или по бессрочному. Если второе, то Вам даже лучше сделали, а не хуже. И такое оформление наиболее точно отвечает сложившимся правоотношениям, поскольку в ТК РФ нет алгоритма перевода работника со срочного договора, заключенного на время отсутствия конкретного основного работника, на бессрочный в другой отдел, на другую должность, где Вы никого не замещаете (на вакантную). Роструд тоже рекомендует такие переводы делать через увольнение.
Если Вас приняли вновь по срочному договору на время отсутствия основного работника (того же или другого), то тут уже Вы сами должны были решать, соглашаться или нет на увольнение, если теперь срок стал меньше, чем первоначально.
Сам факт увольнения в принципе ни на что не влияет, кроме «отпускного» стажа.
Если у Вас еще остались вопросы, Вы можете задать их мне в рамках индивидуальной платной консультации в чате (стоимость и время консультации согласовываются там же).