Ведь счета мы все равно будем выставлять партнеру с НДС?

Во избежание неоднозначного толкования и неопределенности в договоре должно быть ясно прописано как рассчитывается цена договора — с учетом или без учета НДС (т.е. НДС начисляется сверху). Это важно в целях корректного ценообразования сторон по договору. Как исполнитель, Ваше предприятие впоследствии будет выставлять счета и счета-фактуры с указанием НДС в любом случае.