Ранее все официальные претензии возили в офис компании в Санкт-Петербурге (с входящим номером и пр.)

Думаю у вас речь о неустойке в рамках ст 28 закона о защите прав потребителей — в этом случае по ст 17 закона суд можно по месту вашего жительства подать. При цене иска до 100.000 суд мировой, свыше уже районный. Гос пошлину при цене иска до 1 млн платить не нужно. В суде кроме неустойки можно ещё требовать моральный вред по ст 15, но более 5000 он обычно не бывает и штраф по ст 13 за отказ вам в претензии в размере 50% от выигранной суммы

По самой претензии. Если это как писал выше права потребителя и строительство для личных нужд — там неустойка по ч 5 ст 28 — 3 % в день, но не более цены работ.

Поэтому и размер неустойки и ограничение в 30% незаконны и прямо нарушают ст 16 закона

1. Условия договора, ущемляющие права потребителя по сравнению с правилами, установленными законами или иными правовыми актами Российской Федерации в области защиты прав потребителей, признаются недействительными.

Суммы вам нужно пересчитать. Сроки нарушения в работах лучше указать конкретно, и для расчетов будет удобно.

То, что они ссылаются на договор отчасти верно.

Тут в первую очередь нужно исходить из ст. 28 Закона РФ «О защите прав потребителей» определивший предельный законный размер неустойки.

5. В случае нарушения установленных сроков выполнения работы (оказания услуги) или назначенных потребителем на основании пункта 1 настоящей статьи новых сроков исполнитель уплачивает потребителю за каждый день (час, если срок определен в часах) просрочки неустойку (пеню) в размере трех процентов цены выполнения работы (оказания услуги), а если цена выполнения работы (оказания услуги) договором о выполнении работ (оказании услуг) не определена — общей цены заказа. Договором о выполнении работ (оказании услуг) между потребителем и исполнителем может быть установлен более высокий размер неустойки (пени).

И общий размер законной неустойки не может превышать стоимости заказа.

Однако,  далее вам ничего не препятствует рассчитать и взыскать договорную неустойку.

Поскольку в приведенной статье закона указано, что договором о выполнении работ (оказании услуг) между потребителем и исполнителем может быть установлен более высокий размер неустойки (пени).

И на это указано в ст. 332 ГК РФ, размер законной неустойки может быть увеличен соглашением сторон, если закон этого не запрещает.

Поэтому вы рассчитываете изначально неустойку в размере 3% в день за каждый день просрочки исходя из цены отдельного этапа работ, а если цена не определена из общей цены заказа — но не более цены этапа или общей стоимости, а сверх этой стоимости делаете расчёт неустойки определённой договором.