Никита, здравствуйте! НЕт, Вас не имеют права задерживать в воинской части после увольнения. Но по факту материального ущерба обязаны провести административное расследование, пока Вы там, взять с Вас объяснение (пишите как есть, что у Вас украли, что Вы докладывали непосредственному командиру). Но даже если и установят Вашу вину в причинении материального ущерба воинской части, то после Вашего увольнения командир обязан обратиться в суд о привлечении Вас к ограниченной материальной ответственности в размере двух Ваших окладов, а это 4 тысячи рублей. Не более!!!!
Федеральный закон от 12 июля 1999 г. № 161-ФЗ «О материальной ответственности военнослужащих»
Глава II. МАТЕРИАЛЬНАЯ ОТВЕТСТВЕННОСТЬ ВОЕННОСЛУЖАЩИХ
Статья 4. Ограниченная материальная ответственность военнослужащих
1. Если иное не установлено настоящим Федеральным законом, за ущерб, причиненный по неосторожности при исполнении обязанностей военной службы, военнослужащие несут материальную ответственность в следующих размерах:
военнослужащие, проходящие военную службу по призыву, — в размере причиненного ими ущерба, но не более двух окладов по воинской должности;