Здравствуйте.
Если с даты приобретения автомобиля не истекли 3 года, то доход от продажи является налогооблагаемым.
Приобретение автомобиля в кредит не является обстоятельством, которое бы избавляло Вас от исполнения уплаты НДФЛ, а именно этот налог возникает, так как автомобиль продан уже после прекращения статуса ИП и соответственно после прекращения применения УСН. Если он был продан до закрытия ИП, то налог исчислялся бы по УСН. Поскольку автомобиль использовался в предпринимательской деятельности, то применение налогового вычета при исчислении налоговой базы по НДФЛ согласно ст.220 НК РФ невозможно. В Вашем случае возможно только попытаться снизить штраф за неподачу декларации по ст.119 НК РФ (а именно по данной статье Вас должны привлекать, состава других налоговых правонарушений тут нет), для этого нужно подать декларацию, оплатить налоги, если срок их уплаты уже наступил, начисленные пени, если они начислены, и подать до принятия налоговым органом решения о привлечении к ответственности ходатайство о снижении санкций, ссылаясь на смягчающие обстоятельства. Ст.112 и ст.114 НК РФ.
С уважением