Как быть и действуют ли в таком случае каникулы на поступление?

Добрый день.

Прибыл в военный комиссариат по повестке, прошёл мед комиссию, дали повестку на контрольную явку после защиты диплома( не вручения).

 В данном случае вручение  повестки и прохождение медицинского освидетельствования было незаконно, поскольку в настоящее время у Вас действует отсрочка в связи с обучением.

И в этой связи военкомат должен был руководствоваться требованием постановления Правительства РФ от 11.11.2006 N 663  «Об утверждении Положения о призыве на военную службу граждан Российской Федерации»

Оповещение призывников осуществляется на протяжении всего периода подготовки и проведения мероприятий, связанных с призывом на военную службу.Вызову на медицинское освидетельствование и заседание призывной комиссии подлежат все призывники, кроме имеющих отсрочку от призыва.

Таким образом, военкомат явно вышел за пределы предоставленных ему полномочий, что предполагает право на подачу жалобы в прокуратуру.

Сказали принести некое ходотайство от ректора на имя комиссара, о том что меня 100% возьмут в магистратуру.

 Такой документ Вам никто не выдаст, по той причине, что они не могут гарантировать Ваше поступление, результаты которого зависят от прохождения Вами вступительных испытаний.

И тут Вы можете только воспользоваться каникулами для продления срока действия отсрочки от призыва.

Продление отсрочки в связи с предоставлением последипломных каникул предопределена в силу ст. 59 ФЗ «Об образовании в РФ»

17. Обучающимся по основным профессиональным образовательным программам после прохождения итоговой аттестации предоставляются по их заявлению каникулы в пределах срока освоения соответствующей основной образовательной программы, по окончании которых производится отчисление обучающихся в связи с получением образования.

И неоднократно этот вопрос подтвержден судебной практикой.

Например, в Кассационном определение Второго кассационного суда общей юрисдикции от 02.06.2021 по делу N 88а-11177/2021

было отмечено

Как установлено судами, и подтверждается материалами дела, З. был предоставлены каникулы с 29 июня 2020 года по 31 августа 2020 года с сохранением государственных академических и социальных стипендий.
Учитывая вышеприведенные положения закона, исходя из установленных по делу обстоятельств, а именно отсутствие сведений об отчислении З. из МАРХИ, а также то обстоятельство, что на момент принятия оспариваемого решения 9 июля 2020 года срок освоения административным истцом основной образовательной программыне истек, суды пришли к обоснованному выводу о том, что у призывной комиссии отсутствовали правовые основания для принятия в отношении З. оспариваемого решения.

Таким образом, предоставление Вам каникул продлевает срок обучения, а следовательно, увеличивает продолжительность отсрочки.

Если в указанный период в отношении Вас будет принято решение о призыве на военную службу Вам придется его обжаловать в судебном порядке, путем подачи административного иска в районный суд — решение о призыве в таком случае приостанавливается, а после 15 июля оно уже не сможет быть реализовано.