Меня зовут Марина.У меня умер отец.Он имел в собственности квартиру, где не был прописан.После его смерти

Если документ о собственности у Вас имеется, то или нотариус не прав или Вы что-то не так поняли… В соответствии с положениями Гражданского кодекса РФ:

ГК РФ Статья 1115. Место открытия наследства
  
Местом открытия наследства является последнее место жительства наследодателя (статья 20).

 
Если последнее место жительства наследодателя, обладавшего имуществом на территории Российской Федерации, неизвестно или находится за ее пределами, местом открытия наследства в Российской Федерации признается место нахождения такого наследственного имущества. Если такое наследственное имущество находится в разных местах, местом открытия наследства является место нахождения входящих в его состав недвижимого имущества или наиболее ценной части недвижимого имущества, а при отсутствии недвижимого имущества — место нахождения движимого имущества или его наиболее ценной части. Ценность имущества определяется исходя из его рыночной стоимости.

Т.е. место открытия наследства — в Вашем случае вполне определено

С практической точки зрения — Вам счас необходимо обратиться с заявлением к нотариусу (чтобы не пропустить срок 6 месяцев). Если будет отказывать — пусть делает письменный мотивированный отказ в совершении нотариального действия. Такой отказ можно будет либо обжаловать, либог исполнить содержащиеся в нём требования (причины отказа) — если таковые будут действительно законны и обоснованны..