Как лучше, что сделать чтобы документально подтвердить пребывание работника учреждения и членов его семьи в месте использования отпуска для компенсации расходов до места отдыха?

Здравствуйте, Максим!

Вообще, ставить вопрос в таком ключе 

Как лучше, что сделать чтобы документально подтвердить

 не корректно. В учреждении должен быть локальный нормативный акт работодателя, в котором и должно быть указано, какими именно документами подтверждается 

пребывание работника учреждения и членов его семьи в месте использования отпуска для компенсации расходов до места отдыха

 Если такого локального акта нет, нужно смотреть, что за учреждение (какого уровня) и соответствующее нормативное регулирование (например, это может быть постановление исполнительного органа субъекта РФ или муниципалитета). 

Если у Вас еще остались вопросы, Вы можете задать их мне в рамках индивидуальной платной консультации в чате (стоимость и время консультации согласовываются там же).