Когда нужно было выделять доли я узнала что и ему придётся выделять, скажите что можно сделать теперь ведь он

Хоть материнский капитал выдается маме с ребенком, но по сути к ниму «как бы пристраивается» муж. Не зря называют семейным капиталом. Мужчины этим пользуются в корыстных мерах. 
Постарайтесь договориться с бывшем мужем. Выделите долю, сделайте оценку (стоимость в зависимости от доли муж), договоритесь что если муж отдаст в ребенку долю в счет алиментов. 
В счет алиментов — именно сумма доли чтобы зачлась.  Ни в коем случае не отказывайтесь от алиментов!!!

Выделение доли:  1/3 у вас, у мужа 1/3, у ребенка 1/3 если один ребенок. 
                       
Постарайтесь договориться, нажмите на то, что он отец ребенка, он может и заработать еще — а вам негде жить, единственное жилье, и пусть у ребенка будет  своя комната, пусть и в общежитии — это хороший старт для жизни, которой лучше не терять. Взывайте к совести бывшего мужа. Без истерик, цивилизованно. Здесь важно договориться и оформить все документально.
По другому к сожалению никак. 
Терпения вам, и Успехов!