Как доказательство устного соглашения, есть запись разговора а так же метки по разработки

Здравствуйте, Вячеслав.

После защиты проекта заказчику, он перевёл полную бонусную часть компании с которой я сотрудничал

А Вы можете связаться с заказчиком и узнать — с какой целью он направлял деньги компании? В назначении платежа было указано, что бонус направляется Вам?

Как доказательство устного соглашения, есть запись разговора а так же метки по разработки.

А между кем было общение в этом разговоре?

В целом по условию договора выплата прошла успешно. 

В идеале, конечно, нужно и разговор изучать, и Ваш договор (как понимаю, он заключен только с компанией, но не с заказчиком).

Любые устные договоренности доказывать, конечно, трудно. Тем более с учётом такой схемы.

Статья 56 ГПК РФ Обязанность доказывания

1. Каждая сторона должна доказать те обстоятельства, на которые она ссылается как на основания своих требований и возражений, если иное не предусмотрено федеральным законом.
2. Суд определяет, какие обстоятельства имеют значение для дела, какой стороне надлежит их доказывать, выносит обстоятельства на обсуждение, даже если стороны на какие-либо из них не ссылались.

Работал в компании на должности разработчика.

Вот здесь ещё такой момент.

Если у Вашего сотрудничества с компанией есть признаки трудовых отношений, то можно ещё рассмотреть вопрос о признании их таковыми в судебном порядке.

Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 17.03.2004 N 2 «О применении судами Российской Федерации Трудового кодекса Российской Федерации»

8....Если между сторонами заключен договор гражданско-правового характера, однако в ходе судебного разбирательства будет установлено, что этим договором фактически регулируются трудовые отношения между работником и работодателем, к таким отношениям в силу части четвертой статьи 11 ТК РФ должны применяться положения трудового законодательства и иных актов, содержащих нормы трудового права.

Но пока рано говорит о целесообразности такого шага — сначала, повторюсь, нужно изучить, как минимуму договор, и вообще выяснить — были ли признаки трудовых отношений или нет — как вообще был устроен весь процесс сотрудничества.

Добрый день, вы можете теоретически попробовать взыскать стоимость работ, как сумму неосновательного обогащения в соответствии со ст 1104 ГК РФ.

1. Лицо, которое без установленных законом, иными правовыми актами или сделкой
оснований приобрело или сберегло имущество (приобретатель) за счет другого лица
(потерпевшего), обязано возвратить последнему неосновательно приобретенное или
сбереженное имущество (неосновательное обогащение), за исключением случаев,
предусмотренных статьей 1109 настоящего Кодекса.
2. Правила, предусмотренные настоящей главой, применяются независимо от того,
явилось ли неосновательное обогащение результатом поведения приобретателя
имущества, самого потерпевшего, третьих лиц или произошло помимо их воли. 

Главная проблема заключается в доказательстве факта выполнения и передаче результата работ заказчику (компании с которой вы сотрудничали). Свидетельские доказательства учитываться в данном случае почти не будут.

Что вы подразумеваете под метками по разработке?