Добрый день.
Формально, если заключить брачный договор, которым вы разделите квартиры, то она перестанет быть совместной собственностью супругов и будет подпадать под условие освобождения от налога. Рекомендую написать обращение в налоговый орган (не обязательно от своего имени), с описанием этой ситуации (с учетом того, что брачный договор заключен), и узнать их позицию. Если они в последующем доначислят налог, то правоту придется доказывать в суде.
Минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет 3 года для объектов недвижимого имущества, в отношении которых соблюдается хотя бы одно из следующих условий:
право собственности на объект получено налогоплательщиком в порядке наследования или по договору дарения от физического лица, признаваемого членом семьи и (или) близким родственником этого налогоплательщика в соответствии с Семейным кодексом Российской Федерации;
право собственности на объект получено налогоплательщиком в результате приватизации;
право собственности на объект получено налогоплательщиком — плательщиком ренты в результате передачи имущества по договору пожизненного содержания с иждивением;
в собственности налогоплательщика (включая совместную собственность супругов) на дату государственной регистрации перехода права собственности от налогоплательщика к покупателю на проданный объект недвижимого имущества в виде комнаты, квартиры, жилого дома, части квартиры, части жилого дома (далее — жилое помещение) или доли в праве собственности на жилое помещение не находится иного жилого помещения (доли в праве собственности на жилое помещение).
При этом не учитывается жилое помещение (доля в нем), приобретенное в собственность налогоплательщика и (или) его супруга в течение 90 календарных дней до даты государственной регистрации перехода права собственности на проданное жилое помещение (долю в нем) от налогоплательщика к покупателю.
В иных случаях минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет 5 лет.