Здравствуйте, Роман!
В соответствии со ст. 421 ГК РФ граждане и юридические лица свободны в заключении договора. Условия договора определяются по соглашению сторон.
Требование нанести дублирующий знак на крышу закону не противоречит, предлагать такое требование Заказчик вправе.
Соглашаться на него или нет право Подрядчика. Размер штрафа за нарушение этого условия может быть установлен сторонами, а может не устанавливаться. Все условия должны быть согласованы сторонами.
Однако, если по этому условию вы не можете достичь согласия и письменно есть доказательства, что вы предлагаете пункт исключить, то условие не согласовано и, соответственно, не действует.
Заказчик же вправе назвать это условие существенным. В этом случае весь договор не будет действительным если не согласовано это условие (ст. 432 ГК РФ)
Если проект договора у вас и подписан заказчиком — составьте протокол разногласий по этому пункту. Не забудте поставить отметку на самом договоре «С протоколом разногласий»