Какая форма налогообложения будет у такого проекта?

Здравствуйте, Лариса.

Так как Вы пишете

Планируем создать

 предполагаю, что Вас несколько человек, заинтересованных в создании бизнеса. В таком случае, как правило, создается организация (юридическое лицо) (гл. 4 ГК РФ). Это может быть общество с ограниченной ответственностью (чаще всего), либо акционерное общество, либо простое товарищество (если участники группы имеют статус индивидуальных предпринимателей или готовы таковыми зарегистрироваться).

 Регистрация только одного из инициаторов в качестве ИП и разные устные (и даже письменные) договоренности по поводу участия других членов группы в общем бизнесе, несут слишком много рисков. 

Выбор системы налогообложения зависит от того, как будет построена «схема» работы маркетплейса, будет ли он агентом или продавцом в отношениях с конечными покупателями, кто будет поставщиками товаров — организации, ИП, физ.лица, какие предполагаются размеры доходов и расходов, сколько работников будете нанимать, как обеспечивать защиту персональных данных, как Вы будете заключать договоры с контрагентами, распределять риски, учитывать расходы и т.д. и т.п.

Чтобы выбрать оптимальную форму организации бизнеса  и систему налогообложения, Вам следует просчитать «экономику» с учетом всех особенностей Вашего будущего маркетплейса. Как правило, для этого нанимают или очень хорошего бухгалтера-экономиста с большим опытом в аналогичной сфере, либо целую команду (юрист+бухгалтер+экономист).

Как запатентовать идею маркет-плейса по интересующей нас конкретной тематике товаров

 Никак. Согласно ст. 1259 ГК РФ

5. Авторские права не распространяются на идеи, концепции, принципы, методы, процессы, системы, способы, решения технических, организационных или иных задач, открытия, факты, языки программирования, геологическую информацию о недрах.

Организация / ИП вправе зарегистрировать товарный знак (параграф 2 главы 76 ГК РФ) — название маркетплейса (как известные всем Озон или Вайлдберриз). 

Если Вы хотите, чтобы только на вашем маркетплейсе можно было торговать какими-то конкретными товарами, то у Вас вряд ли получится воплотить такую схему, по крайней мере без существенной предварительной подготовки.

Теоретически Вы можете заключать «эксклюзивные договоры». И хотя в российском законодательстве понятие «эксклюзивный договор» не закреплено, но в ГК РФ предусмотрена допустимость включения такого рода условий в договоры комиссии (п. 2 ст. 990 ГК РФ), договоры агентирования (ст. 1007 ГК РФ), договоры коммерческой концессии (п. 1 ст. 1027 ГК РФ, ст. 1033 ГК РФ), лицензионные договоры (пп. 2 п. 1, п. 1.1 ст. 1236 ГК РФ).

При этом все равно нужно соблюдать ограничения  — оговорки об эксклюзивности не могут:
— препятствовать заключению стороной, принявшей соответствующее негативное обязательство, публичных договоров с третьими лицами (ст. 426 ГК РФ);
— действовать избирательно, исключительно для определенной категории покупателей (заказчиков) либо исключительно для покупателей (заказчиков), имеющих место нахождения или место жительства на определенной в договоре территории (п. 3 ст. 1007, п. 2 ст. 1033 ГК РФ);
— нарушать антимонопольные правила, предусмотренные п. 5 ч. 1 ст. 11 Федерального закона от 26.07.2006 N 135-ФЗ «О защите конкуренции», пп. «а» п. 4 ч. 1 ст. 13 Федерального закона от 28.12.2009 N 381-ФЗ «Об основах государственного регулирования торговой деятельности в Российской Федерации».