Какой минимальный срок владения будет применяться?

Здравствуйте!

Его половина квартиры не будет облагаться налогом с продажи уже через три года после покупки, а моя половина — только через пять лет?

 Именно так и будут считать, потому что для мужа это единственное жилье (срок 3 года), а для вас — нет (срок 5 лет)

Оксана, добрый вечер! Не соглашусь с коллегой т.к. в Вашей ситуации если продается недвижимость, находящаяся в общей совместной собственности супругов применительно к п.п. 4 п. 3 ст. 217.1 НК РФ иное жилье указанных лиц, не являющееся общей совместной собственностью из расчета исключается и таким образом в Вашем случае минимальный безналоговый срок владения продаваемой квартирой будет три года для обоих супругов.