Здравствуйте, Марина Ильинична.
Нужно прежде всего разобраться, речь идет именно о совмещении (ст. 60.2 ТК РФ) или совместительстве (ст. 60.1 ТК РФ).
При совмещении размер доплаты устанавливается за совмещение по соглашению между работником и работодателем и является фиксированным (в конкретной сумме или доле от оклада по совмещаемой должности) и премия выплачивается только по занимаемой должности (основной).
При совместительстве заработная плата (в т.ч. ее составные части, включая премию) устанавливается трудовым договором по совместительству и локальными актами работодателя. Руководитель организации может быть ограничен уставом ю.л. (положением об учреждении) в выполнении работы по совместительству без согласия учредителя организации.
Если в вашей организации учредитель — РФ, субъект РФ или муниципалитет, то лучше получить согласие учредителя на премирование руководителем самого себя, если такое право ему не предоставлено уставом (положением).