Дожидаться пока теплоснабжающая компания подаст в суд или можно действовать превентивно?

Согласно п. 2 ст. 199 ГК РФ

Исковая давность применяется судом только по заявлению стороны в споре, сделанному до вынесения судом решения.

Формально любую задолженность можно взыскать, т.е. кредитор вправе обратиться в суд к должнику о взыскании долга и за пределами срока исковой давности.

Суд самостоятельно по своей инициативе исковую давность не применяет. 

Т.к. задолженность можно взыскивать, ее нельзя исключить из бух.отчетности и платежных документов по лицевому счету.