В данном случает, может ли возникнуть такая ситуация?

Здравствуйте, Мария! 

Если у Вас предусмотрены исключительно авансовые платежи за товар, который будет поставлен только после полной оплаты, то данный пункт, именно в том виде, как он сформулирован, не может быть применён, поскольку в нем речь идёт о неустойке только при просрочке поставленного (уже поставленного) товара. 

Обязательства должны исполняться надлежащим образом в соответствии с условиями этого обязательства (ст. 309 Гражданского кодекса РФ). 

При такой формулировке пункта 7.3 обязательство по уплате неустойки не возникнет, так как если полная оплата не произведена, то и товар не будет поставлен. 

Здравствуйте, Мария!

Если все платежи будут авансовыми, ситуация исключена, поскольку в пункте прямо прописано:

(за исключением авансовых платежей

Мария

Если же не все платежи будут авансовыми, Вы сможете применить право удержания, предусмотренное ст. 359 ГК РФ. То есть реализовываться это будет так:

1. Поставщик отгружает первую партию (= надлежаще исполняет встречные обязательства).

2. Покупатель задерживает оплату.

3. У Поставщика в силу п. 1 появляется право начислить ему неустойку на эту первую партию.

4. В отношении второй партии Поставщик реализует свое право на удержание:

Кредитор, у которого находится вещь, подлежащая передаче должнику ..., вправе в случае неисполнения должником в срок обязательства по оплате этой вещи… удерживать ее до тех пор, пока соответствующее обязательство не будет исполнено.

Для ясности можете прописать это в договоре, хотя отсутствие такого пункта не отменяет действия ст. 359 ГК РФ. Таким образом, у Покупателя послабления не будет.