Возможны ли предложенные мной варианты или какие-либо другие?

Здравствуйте!

ООО «Агрофирма» обрабатывает земли государственного бюджетного учреждения «Сельхоз колледж», как можно легализовать отношения? 

Между ООО «Агрофирма» и ГБУ можно заключить договор, предусмотренный нормами действующего законодательства.

.Может ли быть вариантом заключение договора о безвозмездном оказании услуг по обработке земельных участков с целью недопущения их зарастания сорной растительностью, повышения плодородия земли и так далее.

Это возможно. Земельные участки находятся у ГБУ на праве постоянного ( бессрочного) пользования. При этом должны быть использованы по прямому назначению в соответствии с видами разрешенного использования и уставными задачами. В противном случае  могут быть претензии от собственника земли и есть риск привлечения к административной ответственности за использование земельных участков не по целевому назначению, невыполнение обязанностей по приведению земель в состояние, пригодное для использования по целевому назначению по ст.8.8. КоАП РФ.

 ГБУ может для этого привлекать сторонние организации, закон не запрещает.

Заключение безвозмездного договора, где заказчиком является бюджетное учреждение, законодательством  также не запрещено, но такая хозяйственная операция имеет некоторые нюансы.

В частности,  доходы, полученные ГБУ, в том числе, от безвозмедно оказанных услуг в рамках уставной деятельности, при определении налоговой базы не учитываются в силу ст.251 НК РФ.

Заключение некого договора о сотрудничестве с целью развитие перспективных направлений сотрудничества между Университетом и ООО в области образования, науки, в том числе стажировка учащихся, внедрения инновационных достижений науки и техники в производственный процесс и так далее.

Заключение подобного договора о сотрудничестве также возможно в рамках уставной деятельности ГБУ, исходя из принципа свободы договора, ст.421 ГК РФ.