И тот факт, что он вернул всю сумму обратно будет расценено только как смягчающее?

Здравствуйте, Алина!

Скажите, пожалуйста, по какой именно, статье КоАП РФ был составлен протокол об АП, в отношении организации (МУП)? В отношении директора (руководителя) протокол тоже был составлен?..

Были ли вынесены постановление(я) по делу (делам) об АП, в вышеуказанных случаях?..

далее он же дает указание бухгалтеру и сам оплачивает штраф

Алина

Как был осуществлен этот платеж? Безналично? Иным способом? На какой счет? Какое назначение платежа была указана в платежном документе? На каком основании был осуществлен платеж — постановление по делу об АП или иное?..

К слову после возбуждения УД он возвращает в кассу всю сумму от себя.

Алина

Обвинениен уже предъявлено? Можете, обезличенно, приложить к вопросу постановление о возбуждении УД и (или) постановление о привлечении в качестве обвиняемого? Так, в силу положений части 2 статьи 146 УПК РФ,

В постановлении о возбуждении уголовного дела указываются:
1) дата, время и место его вынесения;
2) кем оно вынесено;
3) повод и основание для возбуждения уголовного дела;
4) пункт, часть, статья Уголовного кодекса Российской Федерации, на основании которых возбуждается уголовное дело.

Здравствуйте! 

И тот факт, что он вернул всю сумму обратно будет расценено только как смягчающее? 

Часть 3 статьи 160 Уголовного кодекса РФ является преступлением средней тяжести. В связи с тем, что вред, причиненный преступлением, возмещен потерпевшему (т.е. уплаченный штраф фактически возвращен). то директор МУП может быть освобожден от уголовной ответственности по основаниям, предусмотренным ст. 76 или ст. 76.2 УК РФ. 

            Статья 76. Освобождение от уголовной ответственности в связи с примирением с потерпевшим. Лицо, впервые совершившее преступление небольшой или средней тяжести, может быть освобождено от уголовной ответственности, если оно примирилось с потерпевшим и загладило причиненный потерпевшему вред.

            Статья 76.2. Освобождение от уголовной ответственности с назначением судебного штрафа. Лицо, впервые совершившее преступление небольшой или средней тяжести, может быть освобождено судом от уголовной ответственности с назначением судебного штрафа в случае, если оно возместило ущерб или иным образом загладило причиненный преступлением вред.

Здравствуйте, Алина.

Ничего абсурдного в возбуждении уголовного дела в описанной Вами ситуации нет, в действиях директора действительно имеются признаки преступления ст. 160 УК РФ «Растрата чужого имущества, вверенного виновному», поскольку он противоправно распорядился денежными средствами с корыстной целью сберечь свои собственные денежные средства, из которых и должны был быть выплачен наложенный лично на него штраф. Вы ведь указываете, что штраф был назначен ему как физлицу? 

При этом возврат денежных средств в кассу является лишь добровольным возмещением ущерба (смягчающее обстоятельство, предусмотренное п. «к» ч. 1 ст. 61 УК РФ), но преступности деяния не исключает поскольку преступление уже было окончено в момент перечисления денежных средств со счета предприятия. Поэтому такие действия нельзя считать добровольным отказом от преступления.

Практика по таким делам обширна, и всегда действия руководителей квалифицируется как растрата. Как пример по ссылке ниже.

https://sudact.ru/regular/doc/...

О конкретных идеях защиты можно говорить только после ознакомления со всеми обстоятельствами дела. Но скорее всего здесь у следствия достаточно доказательств, подтверждающих, что перечисление денежных средств происходило по распоряжению директора, поэтому здесь остается только признавать вину, сотрудничать со следствие. Вкупе с добровольным возмещение ущерба это дает хорошие шансы получить наказание не связанное с лишением свободы.