Если он действительно ошибся, и там недоплата с моей стороны, надо ли мне платить?

Здравствуйте! Полагаю, что только на основании слов прораба о его ошибке платить не стоит. Вас могут просто обмануть. Тем более, что вы уже подписали авт приемки. Если действительно была ошибка в расчетах, они должны это подтвердить расчетами, и, возможно, экспертизой, которая покажет, что они, допустим, действительно использовали больше материала, чем указано в смете.