Добрый вечер.Квартира в собственности менее 3 лет, продали совместно с братом, как подать декларацию с вычетом?

Здравствуйте, Николай! В соответствии с пп.1 п.1 ст. 220 Налогового кодекса РФ (далее — НК РФ) при определении размера налоговой базы налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи, в частности, жилых домов, квартир, комнат и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со ст.217.1 НК РФ, не превышающим в целом 1 000 000 руб.

Согласно пп.3 п.2 ст. 220 НК РФ при реализации имущества, находящегося в общей долевой собственности, соответствующий размер имущественного налогового вычета, исчисленного в соответствии с данным подпунктом, распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их доле.
Данная норма, в соответствии с п. 1 резолютивной части Постановления Конституционного Суда Российской Федерации от 13.03.2008 №5-П, применяется только в случае распоряжения имуществом, находящимся в общей долевой собственности, как единым объектом права собственности.
Поэтому, при продаже квартиры как единого объекта права собственности, находившейся в общей долевой собственности двух человек,  имущественный налоговый вычет в размере 1 000 000 руб. распределяется между совладельцами этого имущества. Аналогичное мнение изложено в письме Минфина России от 04.06.2010 №03-04-05/9-311. Поскольку в Вашем случае, как следует из вопроса, квартира Вами с братом продавалась совместно по одному договору, каждый из Вас имеет право на вычет в размере 500 000 руб. (при условии, если Ваши доли равны).
При продаже указанных долей в квартире по отдельным договорам каждый из Вас мог бы воспользоваться имущественным вычетом в полном объеме, то есть 1 000 000 рублей.