Здравствуйте, Евгений.
Право гражданина на выезд за пределы РФ может быть ограничено в том числе, если гражданин призван на военную службу (п. 2 ст. 15 Федерального закона от 15.08.1996 N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию»
2) в соответствии с законодательством Российской Федерации призван на военную службу или направлен на альтернативную гражданскую службу, — до окончания военной службы или альтернативной гражданской службы;
Но в отношении Вас такого решения не вынесено, Вы не призваны на военную службу, поэтому орган миграционного учета не вправе отказать Вам в предоставлении государственной услуги по выдаче загранпаспорта на указанном Вами основании. Равно как и у военного комиссара нет права ограничивать Ваше право на выезд за пределы РФ.
Что касается возможности сохранения отсрочки, то она сохраняется за гражданином получившим академический отпуск в случае если срок отсрочки не увеличивается или увеличивается не более чем на 1 год п. 2 ст. 24 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе» от 28.03.1998 N 53-ФЗ
Если срок отсрочки в связи академическими отпусками увеличился больше чем на 1 год, то Вы потеряли отсрочку, если нет — то Ваша отсрочка сохраняет свое действие.
После того, как вы берете второй академ, и общий срок отсрочки увеличивается более чем на 1 год, то все, отсрочка «сгорает» и Вас могут призвать в ближайшую призывную кампанию.