Добрый день, Виктор!
Применяемая вами система налогообложения — патенты, действительно, не освобождает от уплаты НДФЛ (агент) и страховых взносов за наемных работников. Логика контролирующего органа в том, что с двух торговых точек вы получаете доход (вы же его получаете, да?), соответственно, без физического труда наемных работников (хотя бы одного, т.к. лично вы одновременно не можете находится на двух точках, они же одновременно работают?) эти торговые точки функционировать не могут, поэтому у вас должны быть наемные работник, за которых вы должны представить расчеты и оплатить налог и взносы. Я так понимаю, наемные работники то у вас есть? Для того, чтобы минимизировать налоговые последствия негативные, вам проще самостоятельно сделать минимальные начисления (в пределах прожиточного минимума) на себя и еще одного наемного работника и представить расчеты по страховым взносам и НДФЛ, чем ждать, действительно, налоговой проверки (ФНС сейчас могут проводить выездные налоговые проверки за конкретный период, по конкретному налогу, взносу), когда будут и штрафы и пени за весь период до окончания проверки.
Есть второй вариант, сказать, что вы один мотаетесь между двумя точками и самостоятельно справляетесь, себе зарплату не платите и и, соответственно, НДФЛ и страховые не начисляются.
Третий вариант, это симбиоз первого и второго, когда расчеты сдаете только за одного наемного работника.
Вам полезен мой ответ?