Но не должен ли налог делится попалам?

Анна!

В п. 2 ст. 220 Налогового Кодекса РФ есть такие положения:

3) при реализации имущества, находящегося в общей долевой либо общей совместной собственности, соответствующий размер имущественного налогового вычета распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их доле либо по договоренности между ними (в случае реализации имущества, находящегося в общей совместной собственности);

Вы используете другой подход — уменьшение доходов от продажи на расходы в связи с покупкой, но собственность всё равно совместная и каждый имеет право на свою долю. Данные моменты можно и нужно было отразить при подаче декларации.

Если Вам необходима дополнительная консультация либо помощь в составлении письменных документов, можете обратиться в мой чат, по правилам сайта услуги в чате платные.
Всего доброго!