Здравствуйте!
Суд возвращает исковое заявление, если не соблюден претензионный или иной досудебный порядок урегулирования спора, что он собственно и сделал.
АПК РФ Статья 129. Возвращение искового заявления
1. Арбитражный суд возвращает исковое заявление, если при рассмотрении вопроса о принятии заявления установит, что:
5) истцом не соблюден претензионный или иной досудебный порядок урегулирования спора с ответчиком, если такой порядок является обязательным в силу закона
Если погашен основной долг, но не оплачена пеня, то истец вправе направить претензию с целью досудебного урегулирования ситуации. И если другая сторона оплатит пеню, то вопрос решится и наверняка товар отдадут.
Если пеня не будет оплачена, то истец вправе обратиться в арбитражный суд.
Стороны вправе заключить мировое соглашение.
Ответчик вправе предоставить свои возражения относительно исковых требований по взысканию пени, также может заявить ходатайство о снижении пени на основании ст.333 ГК РФ.
Также нужно смотреть условия договора — есть ли там право на удержание товара истцом.
про удержания товара я ничего не нашел. Если Вы произвели 100 % оплату товара и Поставщик нарушил сроки поставки Вы вправе требовать оплаты неустойки согласно пункту 6.4 Договора.
Поэтому рекомендую Вам обратиться с соответствующим требованием к поставщику.