Нужно ли платить налоги, если я ИП в России, но не резидент, а деньги поступают на карточку ФЛ?

Добрый день. Начну со второго вопроса. Для Вас гораздо важнее не форма подачи, а  то, что Вы, при проживании за границей по большинству видов  деятельности не вправе применять ПСН. Дело в том, что в соответствии со статьей 346.43 НК

 1. Патентная система налогообложения устанавливается настоящим Кодексом, вводится в действие в соответствии с настоящим Кодексом законами субъектов Российской Федерации и применяется на территориях указанных субъектов Российской Федерации

Поэтому скажем если Вы оказываете лично какие то услуги то для применения ПСН должны оказывать их именно в регионе, где был выдан патент.  При этом начало применения ПСН за прошлый период, когда он не был выдан, не предусмотрено  

Теперь по первому вопросу 

Не будет ли вопросов у налоговой (ко мне или к банкам), если я сдам нулевую декларацию, не заблокируют ли карточки физического лица? Клиентам гораздо удобнее переводить на карточку физического лица.

Налоговым кодексом не предусмотрена обязанность получения дохода от предпринимательской деятельности на р.счет.Т.е. с точки зрения НК получение оплаты на счет физ.лица нарушением для ИП не является. Важно лишь задекларировать его и оплатить налоги. Если этого не сдалено возможна как налоговая( статьи 119 НК  http://www.consultant.ru/docum..., 122 НК http://www.consultant.ru/docum... ) так и уголовная ответственность — статья 198 УК http://www.consultant.ru/docum... ( сумма неоплаченного налога превышает 2.7 млн. за 3 года)

Кроме того возможны вопросы со стороны банка в рамках 115-ФЗ с рисками закрытия счета. По той же Инструкции БР 153 -и для ведения предпринимательской деятельности должны открываться именно расчетные счета. Личные счета не должны быть   связаны с ведением предпринимательской деятельности — п.2.2.и 2.3 http://www.consultant.ru/docum...

Все остальные моменты и риски могут быть детально разобраны в рамках отдельной полноценной услуги в чате.

С уважением Евгений Беляев