Здравствуйте!
Оба указанных Вами варианта обращения в прокуратуру равнозначны.
На практике в последнее время обращения через интернет-приемную являются более действенными в связи с тем, что, во-первых, обращение регистрируется сначала в прокуратуре субъекта РФ, а потом уже поступает в территориальную прокуратуру, т.е. присутствует элемент контроля со стороны вышестоящей прокуратуры, во-вторых, в интернет — обращении присутствует адрес электронной почты, на которую будет направлен ответ, это помогает избежать проблем, связанных с работой почты России и быстрее получить ответ на обращение.