Здравствуйте, Роман.
Такое довольно часто случается и ничего страшного в этом нет.
В первую очередь нужно уведомить руководство воинской части по официальным каналам. Телефонного звонка дежурному по части (на телефон КПП или штаба) вполне будет достаточно.
Далее, после окончания временной нетрудоспособности, зарегистрировать в установленном порядке листок временной нетрудоспособности (больничный) в МСЧ, осуществляющей медицинское обеспечение Вашей воинской части. После чего написать рапорт о продлении отпуска на период временной нетрудоспособности. Эти дни отпуска могут быть Вам предоставлены, как в продолжение отпуска, так и в другое время, по согласованию с командованием Вашей части.
С уважением, А.Т. Юношев