Анна, добрый день!
Надо ли заверять бумажный вариант еще живой синей печатью?
Считаю что нет, поскольку документы в электронной форме, подписанные квалифицированной электронной подписью, полностью приравниваются по юридической силе к документам на бумажном носителе, подписанным собственноручными подписями их авторов.
Возможность составления составления справки 2-НДФЛ в электронном виде предусмотрена действующим законодательством, при этом такая справка должна быть подписана усиленной квалифицированной электронной подписью.
В силу ч. 1 ст. 6 Федерального закона от 06.04.2011 N 63-ФЗ
Информация в электронной форме, подписанная квалифицированной электронной подписью, признается электронным документом, равнозначным документу на бумажном носителе, подписанному собственноручной подписью, и может применяться в любых правоотношениях в соответствии с законодательством Российской Федерации....
Таким образом, заверять такой документ еще и синей печатью не обязательно, суд должен будет ее принять.