Здравствуйте!
Если квартиру покупали по ДДУ или по уступке права требования, 3-летний срок можете считать не с даты регистрации права собственности, а с даты полной оплаты по договору.
Если ДДУ или уступки не было, считать надо с даты регистрации права собственности. То есть возникает обязанность по налогу. Вы можете зачесть расходы на покупку и заплатить налог с разницы.
Статья 217.1. Особенности освобождения от налогообложения доходов от продажи объектов недвижимого имущества
В целях настоящей статьи в случае продажи жилого помещения или доли (долей) в нем, приобретенных налогоплательщиком по договору участия в долевом строительстве (по договору инвестирования долевого строительства или по другому договору, связанному с долевым строительством), по договору об участии в жилищно-строительном кооперативе, минимальный предельный срок владения таким жилым помещением или долей (долями) в нем исчисляется с даты полной оплаты стоимости такого жилого помещения или доли (долей) в нем в соответствии с соответствующим договором.