Теперь звонит мне по телефону и угрожает обратиться в органы, если не отдам остальные "поддельные"

Здравствуйте Артур. Во-первых если у Вас есть запись, то Вы сами можете обратиться в полицию с заявлением угрозы от непонятного гражданина. Возможно там имеет место быть вымогательству. В любом случае у Вас на руках имеется одно свидетельство о рождении и если сопоставить эти 2 документа, то это будет выглядеть просто как второй экземпляр (дубликат). Ничего криминального в этом нет, а этому сотруднику сами скажите, что намерены писать на него заявления если тот не угомонится. Все диалоги записаны, доказательства у Вас на руках. Если Вы получали дубликат и его как раз изъяли, то Вы можете конечно попытаться пожаловаться на данного сотрудника и подать заявление в полицию (УК РФ Статья 325. Похищение или повреждение документов), но я думаю, что быстрее будет обратиться к руководству и потребовать объясниться этому сотруднику или же просто обратиться в МФЦ и получить дубликат.